CARA MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.

Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki

Hasilnya :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.

Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.

Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.

Hasilnya adalah:

 

Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types

Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”

Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:

2. CARA MENGGUNAKAN APLIKASI GAMGI

GAMGI adalah sebuah perangkat lunak open source untuk penciptaan dan analisis struktur atom.GAMGI (General Atomistic Modelling Graphic Interface) adalah sebuah program untuk membangun, melihat, dan menganalisis strucures atom seperti molekul, kristal, gelas, cairan, dll.Nah sekarang yuk kita belajar cara menggunakan aplikasi GAMGI.

Buka aplikasi menu gamgi  maka akan terlihat tampilan di bawah  ini

Jangan khawatir tidak bisa menggunakan apliksai Gamgi, karena di dalam aplikasi ada menu tutorialnya. Untuk memunculkan menu tutorial adalah Klik Help-Tutorial, maka akan muncul

Nah saya mencoba untuk membuat bentuk kristal NaCl. Tutorial yang tampak adalah:

Dengan Tutorial tersebut sedikit membantu kita dalam pembuatan struktur NaCl

Untuk membuat cell maka kita harus klik cell-create-. Maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. Isi sesuai dengan tutorial

Sedangkan untuk tampilan “atom-create” muncul tampilan seperti dibawah ini. Untuk mengisi data-data tersebut. Anda harus klik table:

Setelah saat Anda Klik Table maka muncul tampilan seperti di bawah ini. Pilih ataom Na

3. CARA MENGGUNAKAN APLIKASI JMOL
Jmol merupakan sofware visualisasi struktur molekul dalam 3D.
aplikasi ini kompetabel dengan os windows, mac OS X dan linux/unix.

Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Untuk melihat suatu senyawa, data base nya bisa di download di PupChem. Senyawa yang kita butuhkan bisa di peroleh dengan mudah dan gratis. Di PupChem tersebut hanya tinggal ketik nama senyawa dan di download file dengan tipe .sdf yang 3D-nya ya.

Sekarang kita akan mencoba menggunakan aplikasi ini. Buka aplikasi Jmol, maka akan muncul tampilan seperti di bawah ini. lalu untuk memulai menggambar molekul adalah klik:

hasilnya adalah:

Kita bisa mengganti sesuai keinginan kita. Semisal ini saya mencoba untuk membuat NH3.

Untuk memberi nama pada setiap atom, klik display lalu klik label dan pilih sesuai yang anda sukai

nah kita bisa melihat bentuk molekul yang kita buat secara 3D, dari sisi depan, atas,bawah,  kanan, kiri.caranya :
Klik pada menu View
ini contoh melihat pada sisi depan……

kalau yang di bawah ini tampilan tampak dari bawah: